1、發(fā)熱階段
有機(jī)肥堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中溫、好氣性的種類為主，常見(jiàn)的是無(wú)芽孢細(xì) 菌、芽孢細(xì) 菌和霉菌。它們啟動(dòng)堆肥的發(fā)酵過(guò)程，在好氣性條件下旺盛分解易分解有機(jī)物質(zhì)（如簡(jiǎn)單糖類、淀粉、蛋白質(zhì)等），產(chǎn)生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20度左右上升至40度，稱為發(fā)熱階段，或中溫階段。
2、高溫階段
隨著溫度的提高，好熱性的微生物逐漸取代中溫性的種類而起主導(dǎo)作用，溫度持續(xù)上升，一般在幾天之內(nèi)即達(dá)50度以上，進(jìn)入高溫階段。在高溫階段，好熱放線菌和好熱真菌成為主要種類。它們對(duì)堆肥中復(fù)雜的有機(jī)物質(zhì)（如纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)等）進(jìn)行強(qiáng)烈分解，熱量積累，堆肥溫度上升至60-70度，甚至可高達(dá)80度。隨即大多數(shù)好熱性微生物也大量死亡或進(jìn)入休眠狀態(tài)（20度以上），這對(duì)加快堆肥的腐熟有很重要的作用。堆肥不當(dāng)?shù)亩逊?，? 有很短的高溫期，或者根本達(dá)不到高溫，因而腐熟很慢，在半年或者更長(zhǎng)時(shí)期內(nèi)還達(dá)不到半腐熟狀態(tài)。
3、降溫階段
當(dāng)高溫階段持續(xù)一定時(shí)間后，纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)大部分已被分解，剩下很難分解的復(fù)雜成分（如木質(zhì)素）和新形成的腐殖質(zhì)，微生物的活動(dòng)減弱，溫度逐漸下降。當(dāng)溫度下降到40度以下時(shí)，中溫性微生物又成為優(yōu)勢(shì)種類。如果降溫階段來(lái)的早，表明堆制條件不夠理想，植物性物質(zhì)分解不充分。這時(shí)可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產(chǎn)生二次發(fā)熱、升溫，以促進(jìn)堆肥的腐熟。
4、腐熟保肥階段
堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時(shí)應(yīng)將堆肥壓緊，造成厭氣狀態(tài)，使有機(jī)質(zhì)礦化作用減弱，以利于保肥。簡(jiǎn)而言之，有機(jī)堆肥的發(fā)酵過(guò)程實(shí)際上就是各種微生物新陳 代謝、繁殖的過(guò)程。微生物的新陳 代謝過(guò)程即有機(jī)物分解的過(guò)程。有機(jī)物分解會(huì)產(chǎn)生能 量，這些能 量推動(dòng)了堆肥化進(jìn)程，使溫度升高，同時(shí)還可干燥濕基質(zhì)。許多堆肥用的基質(zhì)攜帶人類、動(dòng)植物的病原體，以及令人討厭的生物如雜草種子。在堆肥過(guò)程中，通過(guò)短時(shí)間的持續(xù)升溫，可以有效地控制這些生物的生長(zhǎng)。
